Ich habe genau das gleiche Problem gehabt wie du... Hab auch eine PS3-Slim. (320 GB Variante)
Ich hatte auch, besonders bei FIFA, längere Ruckler und Tonaussetzer, welche das Online-spielen unmöglich machte. Uncharted 3 war zwar spielbar, aber bei fast allen Cutscenes gabs Hänger und Tonaussetzer, sodass das Bild nicht mehr zum Ton passte (was das Spielerlebnis schon sehr stark beeinflusste).
Ausserdem dauerte das Installieren von Spieldaten und Demos erheblich länger, als ich es früher gewohnt war (teilweise 5-minütige Ladezeit bei GT 5).
Es gab aber auch Spiele, wie du schon gesagt hast, welche problemlos funktionierten. Eventuell waren auch hier die Ladezeiten um ein kleines bisschen länger. Dies fiel aber nicht so sehr auf und hatte keinen Einfluss auf das eigentliche Spiel.
Habe dann auch im Internet nach Lösungen gesucht und dabei keine konkrete Lösung gefunden. Unter aderem habe, wie du, die Festplatte formatiert.... ohne Erfolg!
Hatte aber durch meine alte PS3 (60GB) noch eine Festplatte übrig. Hab diese dann eingebaut und seitdem läuft alles wieder rund. Der Festplattentausch sollte, auch für einen Laien, kein Problem sein.
Da sich deine Schilderung sehr mit meinen decken, ist es wahrscheinlich, dass es bei der auch an der Festplatte liegt.
Für andere Lösungsvorschläge (ausser Einbau einer anderen Festplatte) zum Beheben der Probleme bin ich offen. Ich habe keine andere Lösung gefunden.
Ich hoffe, dass ich dir helfen konnte ;-)